Σύμφωνα με την έρευνα της Αντιτρομοκρατικής Υπηρεσίας, ο 29χρονος και η 26χρονη φέρονται να ταυτοποιήθηκαν, από το προανακριτικό και βιντεοληπτικό υλικό, ως φυσικοί αυτουργοί της φονικής εμπρηστικής επίθεσης. Ο 24χρονος κατηγορείται ότι παραχώρησε το σπίτι του ως «ορμητήριο» και «κρησφύγετο» στους δύο συγκατηγορουμένους του.
Κατά τις Αρχές, το σπίτι βρίσκεται σε μικρή απόσταση από την οικία της οικογένειας Νέστορα και χρησιμοποιήθηκε τόσο πριν όσο και μετά την επίθεση. Ειδικότερα, οι δύο φερόμενοι ως φυσικοί αυτουργοί παρέμειναν εκεί το προηγούμενο 24ωρο, κατοπτεύοντας την περιοχή, ενώ επέστρεψαν μετά την εμπρηστική ενέργεια, όπου άλλαξαν ρουχισμό πριν αποχωρήσουν.
Ο 29χρονος είναι γνωστός στις Αρχές για τη δράση του στον αντιεξουσιαστικό χώρο, έχοντας προσαχθεί κατά το παρελθόν δύο φορές. Η 26χρονη, η οποία κατάγεται από την Αθήνα και διαμένει στη Θεσσαλονίκη, είχε προφυλακιστεί το Φεβρουάριο του 2022 για υπόθεση που αφορούσε την αποδιδόμενη συμμετοχή της στην «Οργάνωση Αναρχική Δράση», τα μέλη της οποίας είχαν κατηγορηθεί για σειρά εμπρηστικών επιθέσεων με γκαζάκια. Μετά την επίθεση της 1ης Ιουλίου η ίδια μετέβη στα Χανιά, όπου εντοπίστηκε και συνελήφθη.
